Nasce a Roma nel 1852 da Temistocle e Virginia Cecconi.
IL 26 novembre 1869 il padre lo presenta a Giovanbattista De Rossi nel cimitero di Callisto sull'Appia, in occasione della festa di S. Cecilia. Sua passione l'archeologia cristiana.
Nel 1872 prese parte alle fortunate esplorazioni del cimitero di Domitilla; la sua prima scoperta personale fu l'identificazione della cripta sepolcrale del martire Valentino, al primo miglio della via Flaminia. Valido aiuto prestò nell'esplorazione dell'ipogeo degli Acilii Glabrioni nel cimitero di Priscilla.
Fra le scoperte numerose da lui compiute e illustrate, sono da ricordare quelle della cripta dei martiri Marcellino e Pietro sulla via Labicana, l'identificazione del luogo dove furono sepolti i martiri "quos Graecia misit".
Nei cubicoli dinanzi agli arcosoli, ove i motivi architettonici, le pitture, le sculture, le epigrafi indicavano la presenza della tomba di un martire, gli studiosi archeologi Marucchi ed altri fecero elevare altari, per la celebrazione del sacrificio della Messa, come avveniva al tempo delle persecuzioni.
Fu espertissimo in antichità egizie, in epigrafia, in topografia romana. Illustrò gli obelischi di Roma e le antichità di Palestrina.
Insieme con l'Armellini e lo Stevenson fondò il "Collegio dei cultori dei martiri". Volle poi che ul suo sepolcro si scrivesse solo "Cultor martyrum".
Il "Collegio" volle un suo statuto, la cui stesura fu affidata allo Stevenson che la scrisse in latino. Quello che diremo "Consiglio direttivo" (è interessante conoscerne gli attributi) era formato dal magistro (presidente), curatores (5 consiglieri), sacerdos (per il culto), ab epistolis (segretario), arcarius (tesoriere), tricliniana (incaricato delle agapi).
Quelle agapi si tenevano spesso in modeste osterie di campagna, fra le quali quelle sulla via Appia che fu detta perciò "osteria degli archeologi". Quei luoghi erano troppo lontani dalla città, perché quegli studiosi potessero tornare a casa a metà della giornata coi mezzi di trasporto d'allora. A quelle agapi partecipava anche il De Rossi, il quale fu, per alcuni anni, "magistro". A lui succedette nel 1897 il nostro Marucchi che tenne la carica fino alla morte.
Nelle festività di S. Cecilia, di S. Agnese e di S. Sebastiano gli appartenenti al "Collegio" passavano l'intera giornata nelle Catacombe, al suono di dolci melodie che si rincorrevano da cubicolo a cubicolo, da ambulacro ad ambulacro, come voci d'oltretomba inneggianti ai martiri con le stesse antifone delle antiche liturgie: "Cantantibus organis" (S. Cecilia), "Fiat cor meum immaculatum" (S. Agnese).
Non erano solo italiani gli iscritti al sodalizio, ma di diverse nazioni europee, uniti nella stessa fede, mentre le loro patrie si dilaniavano sui campi di battaglia (1915-18). Nel "Collegio" e attraverso di esso, il Marucchi riuscì a condurre alla fede molti e molti giovani sulla via dello studio e della virtù.
Fu direttore del Museo lateranense, scrittore della Biblioteca Vaticana, socio di molte Accademie italiane ed estere, segretario della pontificia commissione di archeologia, impareggiabile divulgatore. Nelle sue pubblicazioni (più di 400) si ammira la chiarezza, l'abilità dialettica, l'inesauribile erudizione.
Appartenne all'A.C. (iscritto al "Circolo S. Pietro" nel 1870). Come consigliere comunale sostenne la necessità del catechismo nelle scuole della Capitale. Egli stesso si dedicò a preparare alla prima Comunione i fanciulli che, lontani dal centro, non si sarebbero potuti recare in città. Tenne conferenze al Congresso eucaristico di Venezia nel 1897 e nel 1894 in occasione del centenario della morte di S. Filippo Neri, apostolo di Roma.
E' rimasto famoso il suo discorso per l'inaugurazione del cimitero teutonico - già circo di Nerone - all'interno del Vaticano.
Insieme con altri, il Marucchi si interessò a fondo per il ritorno della croce sulla torre capitolina e nel Colosseo.
All'apostolato della parola e della penna, il Marucchi unì quello efficacissimo dell'esempio: partecipazione inappuntabile alla Messa domenicale solenne e alle "Stazioni quaresimali".
Fu anche valoroso apologeta. La scienza archeologica era per lui valido strumento di difesa contro gli errori del protestantesimo, specialmente riguardo al culto della Vergine fin dal II secolo, al primato del Papa, per essere Roma la "sedes ubi prius sedit Petrus".
Il Marucchi si rivelò apologeta, specialmente come giornalista. Non è possibile ricordare tutte le pubblicazioni quotidiane, settimanali e mensili che ospitarono suoi scritti pregevoli. Ricordiamone alcuni: "Gli studi in Italia", "La Rassegna italiana", periodico mensile di oltre 150 pagine, "Rassegna internazionale di scienze sociali", "L'Osservatore Romano", "Voce della verità", "Roma e l'Oriente", "Nuova Antologia", "L'Illustrazione Vaticana".
Nemmeno la biografia fu estranea al Marucchi che nel 1903 pubblicò quella di Giovanbattista De Rossi. Di essa si è avvalsa l'Enciclopedia Treccani, per tracciare un profilo del grande maestro di archeologia cristiana.
La moglie Giulia Ruggeri gli fu accanto come un angelo.
Si può attribuire al Marucchi il trinomio: cristiano, scienziato, docente.
Nel 1905 consegue la libera docenza nell'Università di Roma.
Sua aspirazione costante fu la pace tra lo Stato e la Chiesa, e quano - negli ultimi suoi anni - fu raggiunta, ne godette moltissimo e sul letto di morte poteva affermare di aver sempre amato Dio, la famiglia, la patria. Ebbe da Leone XIII e dai suoi successori fino a Pio XI vari incarichi di rappresentanza in Italia e all'estero.
Il Marucchi continuò il suo lavoro di ricerca archeologica fino alla morte; lo terminò il 22 dicembre 1930 nella stessa cripta di S. Cecilia, dove l'aveva iniziato 61 anni prima.
Muore all'alba del 22 gennaio 1931, festa di S. Agnese. Ai funerali era presente tutta la Roma colta ed ufficiale.